1.中華民國 54  年 1  月 30 日總統（54）台統（一）義字第 566 號令制定
  公布全文 27 條
2.中華民國 56  年 12 月 30 日總統令修正公布第 5 條條文
3.中華民國 60  年 11 月 25 日總統令修正公布全文 31 條
4.中華民國 68  年 12 月 24 日總統令修正公布第 10、14 條條文
5.中華民國 77  年 12 月 5  日總統（77）華總（一）義字第 5589 號令修正
  公布第 5、12～15、17 條；增訂第 3-1、14-1、29-1 條條文
6.中華民國 86  年 5  月 7  日總統（86）華總（一）義字第 8600106940 號令修正
  公布全文 32 條
7.中華民國 90  年 5  月 30 日總統（90）華總一義字第 9000102270 號令修正
  公布第 6、10 、14、17、19、26、27 條條文；並增訂第 10-1、10-2、11-1、
  22-1 條條文
8.中華民國 95  年 5  月 30 日總統華總一義字第 09500075611 號令修正
  公布第 11、11-1、12、13、15、16、20、23 條條文；增訂第 10-3、
  11-2～11-4、26-1 條條文；並刪除第 30 條條文
9.中華民國 98  年 1  月 21 日總統華總一義字第 09800014551 號令修正
  公布第 10、32 條條文；施行日期由行政院定之
  中華民國 98 年 3 月 12 日行政院院臺經字第 0980006249 號令發布
  定自 98 年 4 月 13 日施行
10. 中華民國 99  年 6  月 2  日總統華總一義字第 09900133491 號令修正
    公布第 7、10-3～11-1、13、15、23  條條文
11. 中華民國 110 年 2  月 3  日總統華總一經字第 11000008931 號令修正
    公布名稱及全文 42 條；施行日期由行政院定之
    中華民國 110 年 3  月 16 日行政院院臺經字第 1100007063 號令發布
    定自 110 年 3 月 28 日施行（原名稱：加工出口區設置管理條例）
12. 中華民國 112 年 1  月 19 日總統華總一經字第 11200004651 號令修正
    公布全文 42 條；施行日期，由行政院定之
    中華民國 112 年 9  月 1  日行政院院臺經字第 1121033770 號令發布
    定自 112 年 9 月 26 日施行