1.中華民國 96  年 1  月 24 日經濟部經加字第 09504607300 號令、
  財政部台財關字第 09605500050 號令會銜訂定發布全文 51 條；並
  自 96 年 1 月 26 日施行
2.中華民國 97  年 5  月 28 日經濟部經加字第 09704602080 號令、
  財政部台財關字第 09705502310 號令會銜修正發布第 2、5、7～9、
  12、13、18、28、30、32、34、35、51 條條文；並自發布日施行
3.中華民國 98  年 11 月 23 日經濟部經加字第 09804605830 號令、
  財政部台財關字第 09805039520  號令會銜修正發布第 5、12、13、
  15、16、18、34、38 條條文
4.中華民國 100 年 6  月 29 日經濟部經加字第 10004603450 號令、
  財政部台財關字第 10005022890 號令會銜修正發布第 1、29、34、
  39 條條文
5.中華民國 104 年 8  月 14 日經濟部經加字第 10404603490 號令、
  財政部台財關字第 1041017092 號令會銜修正發布第 13、29、38、
  42 條條文
6.中華民國 110 年 5  月 26 日經濟部經加字第 11004601980 號令、
  財政部台財關字第 1101011471 號令會銜修正發布名稱及第 1～4、6
  、7、12、17、19～21、24、26、30、33、36、39、42、45、47、49、
  50 條條文（原名稱：加工出口區保稅業務管理辦法）
7.中華民國 111 年 7  月 6  日經濟部經加字第 11104602500 號令、
  財政部台財關字第 1111015585 號令會銜修正發布第 2、4、7、18、
  26、34、38 條條文
8.中華民國 112 年 4  月 18 日經濟部經加字第 11255600040 號令、
  財政部台財關字第 1121006895 號令會銜修正發布第 29 條條文；增
  訂第 8-1 條條文
  中華民國 112 年 9  月 13 日行政院院臺規字第 1121031987 號公告
  第 4 條第 1 項、第 4 項、第 5 條第 2 項、第 6 條第 2 項、第 7
  條第 1 項、第 8 條第 5 項、第 8-1 條第 2 項、第 3 項、第 9 條
  第 1 項、第 11 條第 3 項、第 12 條第 3 項、第 4 項、第 13 條
  第 3 項、第 18 條第 1 項第 2 款、第 26 條第 3 項、第 27 條第
  4 項、第 32 條第 3 項、第 4 項、第 34 條序文、第 35 條第 3 項
  、第 38 條第 4 項、第 40 條第 1 項、第 3 項、第 5 項、第 41
  條第 1 項、第 45 條第 3 項、第 46 條所列屬「經濟部加工出口區
  管理處」、「經濟部加工出口區管理處各分處」之權責事項，自 112
  年 9 月 26 日起改由「經濟部產業園區管理局」、「經濟部產業園區
  管理局各分局」管轄
9.中華民國 112 年 11 月 17 日經濟部經園字第 11255600420 號令、
  財政部台財關字第 1121026393 號令會銜修正發布第 4～9、11～13
  、18、26、27、32、34、35、38、40、41、45、46 條條文