1.中華民國 87  年 1  月 7  日經濟部（87）經加字第 86391823 號令訂定
  發布全文 13 條；並自 87 年 1 月 1 日起施行
2.中華民國 87  年 12 月 23 日經濟部（87）經加字第 87388617 號令修正
  發布全文 15 條
3.中華民國 89  年 12 月 28 日經濟部（89）經加字第 89258793 號令修正
  發布全文 20 條；並自 90 年 1 月 1 日起施行
4.中華民國 91  年 6  月 12 日經濟部經加字第 09103836310 號令修正
  發布全文 21 條；並自 91 年 7 月 1 日起施行
5.中華民國 92  年 2  月 26 日經濟部經加字第 09203808130 號令修正
  發布全文 23 條；並自 92 年 1 月 1 日施行
6.中華民國 94  年 11 月 29 日經濟部經加字第 09403812460 號令修正
  發布全文 24 條；並自 94 年 11 月 1 日施行
7.中華民國 97  年 10 月 22 日經濟部經加字第 09703829530 號令修正
  發布第 24 條條文；增訂第 2-1 條條文；並自 97 年 11 月 1 日施行
8.中華民國 100 年 1  月 26 日經濟部經加字第 10003800860 號令修正
  發布全文 25 條；並自 100 年 2 月 1  日施行
9.中華民國 103 年 4  月 17 日經濟部經加字第 10303808590 號令修正
  發布第 2、5、16、17、21、25 條條文；增訂第 3-1、10-1、17-1 條
  條文；並自 103 年 5 月 1 日施行
10. 中華民國 104 年 11 月 26 日經濟部經加字第 10403823750 號令修正
    發布全文 17 條；並自 105 年 1 月 1 日施行
11. 中華民國 107 年 9  月 27 日經濟部經加字第 10703817020 號令修正
    發布第 8、8-1、13、17 條條文；並自 107 年 11 月 1 日施行
12. 中華民國 109 年 4  月 27 日經濟部經加字第 10904601820 號令修正
    發布第 4、17 條條文；並自發布日施行
13. 中華民國 110 年 4  月 6  日經濟部經加字第 11004601440 號令修正
    發布名稱及第 1、2、8、10、17 條條文；並自 110 年 3 月 28 日施
    行（原名稱：加工出口區管理費規費及服務費收費標準）
    中華民國 112 年 9  月 13 日行政院院臺規字第 1121031987 號公告
    第 2 條第 2 款、第 4 條第 4 項、第 5 條、第 8 條第 1 項序文、
    第 4 款、第 4 項、第 9 條第 1 項、第 10 條第 3 項、第 4 項、
    第 11 條第 2 項、第 12 條第 2 項所列屬「經濟部加工出口區管理
    處」、「經濟部加工出口區管理處各分處」之權責事項，自 112 年 9
    月 26 日起改由「經濟部產業園區管理局」、「經濟部產業園區管理
    局各分局」管轄
14. 中華民國 112 年 11 月 6  日經濟部經園字第 11255600380 號令修正
    發布全文 18 條；並自發布日施行