1.中華民國 63  年 8  月 15 日行政院（63）台經字第 6238 號令訂定
  發布全文 11 條
2.中華民國 87  年 9  月 7  日行政院（87）台孝授二字第 07457 號令修正
  發布名稱及全文 14 條（原名稱：經濟部加工出口區管理處作業基金收支保
  管辦法）
3.中華民國 91  年 9  月 24 日行政院院授主孝二字第 091006481 號令修正
  發布全文 12 條；並自發布日施行
4.中華民國 93  年 5  月 12 日行政院院授主孝二字第 0930002942B 號令修正
  發布第 3 條條文；並刪除第 2 條條文
5.中華民國 110 年 8  月 13 日行政院院授主基經字第 1100201140A 號令修正
  發布名稱及全文 11 條；並自 110 年 3 月 28 日施行（原名稱：加工出口區
  作業基金收支保管及運用辦法）
  中華民國 112 年 9  月 13 日行政院院臺規字第 1121031987 號公告
  第 2 條所列屬「經濟部加工出口區管理處」之權責事項，自 112 年
  9 月 26 日起改由「經濟部產業園區管理局」管轄
6.中華民國 112 年 11 月 23 日行政院院授主基經字第 1120202429A 號令修正
  發布第 2、6、11 條條文；並自發布日施行