1.中華民國 54  年 7  月 19 日經濟部經臺（54）經加字第 14627 號令訂定
  發布
2.中華民國 56  年 10 月 29 日經濟部經臺（56）工字第 3562 號令修正
  備查
3.中華民國 58  年 5  月 10 日經濟部經臺（58）工字第 16248 號令修正
  發布
4.中華民國 62  年 8  月 22 日經濟部經（62）法字第 26179 號令修正
  發布
5.中華民國 67  年 1  月 23 日經濟部經（63）法字第 02474 號令修正
  發布
6.中華民國 74  年 1  月 21 日經濟部（74）經技字第 02934 號令修正
  發布第 3 條條文
7.中華民國 78  年 8  月 28 日經濟部（78）經技字第 044439 號令修正
  發布 3、5、8 條條文
8.中華民國 79  年 5  月 30 日經濟部（79）經技字第 020509 號令修正
  發布第 2、5 條條文
9.中華民國 81  年 9  月 9  日經濟部（81）經加字第 088611 號令修正
  發布第 1、5 條條文
10. 中華民國 86  年 7  月 23 日經濟部（86）經加字第 86460937 號令修正
    發布名稱及條文（原名稱：加工出口區外銷事業申請設立審查辦法）
11. 中華民國 89  年 1  月 12 日經濟部（89）經加字第 88462787 號令修正
    發布第 3 條條文
12. 中華民國 91  年 2  月 6  日經濟部（91）經加字第 09104602250 號令修正
    發布第 5、7、8 條條文
13. 中華民國 91  年 11 月 6  日經濟部經加字第 09104624710 號令修正
    發布第 3 條條文
14. 中華民國 94  年 5  月 12 日經濟部經加字第 09404603970 號令修正
    發布第 5 條條文
15. 中華民國 104 年 2  月 5  日經濟部經加字第 10404600600 號令修正
    發布第 1、3、5 條條文
16. 中華民國 108 年 9  月 12 日經濟部經加字第 10804603970 號令修正
    發布第 3 條條文
17. 中華民國 110 年 11 月 2  日經濟部經加字第 11004605430 號令修正
    發布名稱及全文 11 條；並自發布日施行（原名稱：加工出口區區內事
    業申請設立審查辦法）
    中華民國 112 年 9  月 13 日行政院院臺規字第 1121031987 號公告
    第 2 條第 2 項、第 3 條附表、第 4 條第 3 項、第 5 條第 1 項、
    第 3 項序文、第 7 條、第 8 條第 3 項、第 9 條第 1 項、第 2 項
    、第 3 項序文所列屬「經濟部加工出口區管理處」、「經濟部加工出
    口區管理處各分處」之權責事項，自 112 年 9 月 26 日起改由「經
    濟部產業園區管理局」、「經濟部產業園區管理局各分局」管轄；第
    5 條第 3 項序文所列由「經濟部加工出口區管理處處長」擔任委員並
    兼任召集人事項，自 112 年 9 月 26 日起改由「經濟部產業園區管
    理局局長」擔任並兼任；第 5 條第 3 項第 6 款所列由「經濟部商業
    司」代表擔任委員事項，自 112 年 9 月 26 日起改由「經濟部商業
    發展署」代表擔任；第 5 條第 3 項第 7 款、第 10 款所列由「經濟
    部投資業務處」、「經濟部投資審議委員會」代表擔任委員事項，自
    112 年 9 月 26 日起改由「經濟部」代表擔任；第 5 條第 3 項第 8
    款所列由「經濟部工業局」代表擔任委員事項，自 112 年 9月 26 日
    起改由「經濟部產業發展署」代表擔任；第 5 條第 3 項第 9 款所列
    由「經濟部國際貿易局」代表擔任委員事項，自 112 年 9月 26 日起
    改由「經濟部國際貿易署」代表擔任
18. 中華民國 112 年 11 月 6  日經濟部經園字第 11255600380 號令修正
    發布全文 11 條；並自發布日施行
19. 中華民國 113 年 11 月 22 日經濟部經園字第 11355600490 號令修正
    發布全文 9 條；並自 114 年 1 月 1 日施行