1.中華民國 54  年 7  月 7  日行政院（54）台經字第 4757 號令訂定
  發布
2.中華民國 56  年 7  月 26 日行政院（56）台經字第 2662 號令修正
  發布第 11、18、31 條條文
3.中華民國 63  年 8  月 17 日行政院（63）台經字第 6303 號令修正
  發布
4.中華民國 68  年 5  月 5  日行政院（68）台經字第 4273 號令修正
  發布
5.中華民國 71  年 12 月 30 日行政院（71）台經字第 22392 號令修正
  發布
6.中華民國 76  年 5  月 18 日行政院（76）台經字第 10131 號令修正
  發布第 5、31、33～35、38、42、46、47、49、52、56、58 條條文；
  刪除第 21 條條文
7.中華民國 79  年 1  月 5  日行政院（79）台經字第 101 號令修正
  發布第 5～18、23、34、39、41、43、43-1、44、46～49、53、56、
  58～60 條條文；增訂第 60-1 條條文；刪除第 26條條文
8.中華民國 82  年 7  月 2  日行政院（82）台經字第 22061 號令修正
  發布第 8、13、16、18、23、31、35、36、38、39、46、47、52、56
  條條文
9.中華民國 84  年 12 月 20 日行政院（84）台經字第 44693 號令修正
  發布第 5、49 條條文；刪除第 9 條條文
10. 中華民國 87  年 4  月 22 日經濟部（87）經加字第 87009454 號令修正
    發布全文 42 條
11. 中華民國 89  年 4  月 12 日經濟部（89）經加字第 89006695 號令修正
    發布第 11、32～36 條條文；增訂第 35-1 條條文；刪除第 5 條條文
12. 中華民國 91  年 3  月 20 日經濟部（91）經加字第 09100053900 號令修正
    發布第 8、16、18、27、32～35、35-1、36～38 條條文；增訂第 38-1、39-1
    條條文；刪除第 41 條條文
13. 中華民國 93  年 12 月 29 日經濟部經加字第 09300634710 號令修正
    發布第 10、20、23、30、34、35-1、39 條條文；增訂第 18-1 條條文
14. 中華民國 96  年 1  月 24 日經濟部經加字第 09600500060 號令修正
    發布第 4、12、20、21、26～30、32～34、38 條條文；增訂第 18-2、
    39-2 條條文；刪除第 18、35、35-1、36、37、39-1 條條文
15. 中華民國 98  年 7  月 30 日經濟部經加字第 09804603780 號令修正
    發布第 8、14、15 條條文；刪除第 16 條條文
16. 中華民國 110 年 5  月 3  日經濟部經加字第 11004601960 號令修正
    發布名稱及全文 39 條；並自發布日施行（原名稱：加工出口區設置管
    理條例施行細則）
    中華民國 112 年 9  月 13 日行政院院臺規字第 1121031987 號公告
    第 4 條第 1 項、第 5 條、第 6 條、第 12 條第 1 項、第 13 條第
    1 項、第 3 項、第 14 條、第 17 條第 1 項、第 18 條、第 19 條
    、第 23 條、第 26 條第 4 項、第 29 條、第 32 條、第 34 條、第
    36 條序文、第 38 條所列屬「經濟部加工出口區管理處」、「經濟部
    加工出口區管理處各分處」之權責事項，自 112 年 9 月 26 日起改
    由「經濟部產業園區管理局」、「經濟部產業園區管理局各分局」管
    轄
17. 中華民國 112 年 11 月 6  日經濟部經園字第 11255600380 號令修正
    發布第 4～6、12～14、17～20、23、26、29、32、34、36、38 條條文