一、為執行加工出口區設置管理條例（以下簡稱本條例）第十二 條第二項及本條例施行細則第二十條協議價購私有建築物之規定，特訂定本作業程序。
二、加工出口區內之私有建築物，有本條例第十二條第二項規定情形之一者，加工出口區管理處（以下簡稱管理處）或分處得向其所有權人協議價購。
三、管理處或分處為辦理區內私有建築物協議價購價格之評定，得設置加工出口區私有建築物協議價購價格評議委員會(以下簡稱評議會)，置委員七人至十一人，由管理處處長或分處長擔任召集人，副處長或副分處長擔任副召集人，召集人未能出席或因故出缺時，由副召集人代理；其餘委員由管理處或分處有關單位主管、相關機關代表及專家學者擔任。
四、區內私有建築物之協議價購，依下列程序辦理：
(一)在區內營業之事業私有建築物具有本條例第十二條第二項各款情形之一者，經管理處或分處調查屬實後，即進行協議價購，並通知該在區內營業之事業。但分處經調查屬實，應報請管理處核定後再進行協議價購。
(二)經確定協議價購之私有建築物，由管理處或分處委託不動產估價師公會或經政府核准之不動產鑑價機構辦理查估，並作成書面報告。
(三)前款報告書內容，由管理處或分處送請評議會評定之。
(四)評議會評定私有建築物協議價購價格後，由管理處或分處召開加工出口區私有建築物協議價購會議，由管理處或分處有關單位主管擔任主席，並通知私有建築物所有權人出席。
(五)私有建築物所有權人同意協議價購者，應於通知期限內提出同意書辦理協議價購，管理處或分處另行通知簽訂協議價購契約書之期限及簽訂契約書應檢附之文件。
(六)由管理處或分處委託之地政士所核算出買賣雙方各自應負擔之稅費金額，除「契稅條例」第4條之規定，買賣契稅應由買受人申報納稅外，建築物所有權人應依約定自行繳清各項稅款及費用。
(七)私有建築物所有權人需備齊相關文件會同管理處或分處辦妥原所有權移轉登記後，即終止對該建築物之一切權利義務，再行領取協議價購款。
五、建築物所有權人辦理前點規定時，應備齊文件及義務：
(一)建物所有權人為法人時，應檢具法人登記證明文件及其代表人之資格證明。其為義務人時，應另提出法人登記機關核發之法人及代表人印鑑證明或其他足資證明之文件，及於登記申請書適當欄記明確依有關法令規定完成處分程序，並蓋章。前述應提出之文件，為法人登記機關核發之設立、變更登記表或其抄錄本、影本、建物所有權狀正本及房屋稅單。
(二)建物所有權人為自然人時，應檢具身分證正本、印鑑章、印鑑證明、戶口名簿、建物所有權狀正本及房屋稅稅單。
(三)建築物如屬破產財團所有者，由破產管理人檢具資格證明及印鑑證明代表具領，但破產管理人親自到場具領者，免附印鑑證明。
(四)建築物如為經撤銷登記公司所有者，由清算人檢具資格證明及印鑑證明代表具領，但清算人親自到場具領者，免附印鑑證明。
(五)建築物有出租供使用者，該所有權人應自行與承租人協議終止租約並補償其損失。
(六)訂有他項權利及限制登記者，該建築物所有權人應自行協議塗銷，終止他項權利等登記。
(七)如經稅捐機關清查後有欠稅情事，建築物所有權人應檢附繳納證明，或由管理處或分處於協議價購款項代為清償。
(八)其他依法令規定應檢附之文件經登記機關要求加以補齊時，建築物所有權人應配合檢附相關文件。
六、私有建築物協議價購後，其原租用之公有土地，管理處或分處應於移轉登記之日，予以終止租約收回。