有關中小企業申請「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱本辦法）一百零三年度研發支出投資抵減之優惠，而適用一百零四年三月三十日修正發布前中小企業認定標準疑義。

一、按本辦法第四條第一款規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之中小企業，應符合下列資格條件：一、依法辦理公司登記並合於中小企業認定標準第二條所定基準之事業」；另第十七條規定：「本辦法施行期間，自中華民國一百零三年五月二十日起十年」。

二、經查中小企業認定標準第二條於一百零四年三月三十日經本部以經企字第一○四○四六○一五三○號令修正發布在案，修正目的主係考量國際趨勢及實務作業上認定之一致性，將修正前原則採實收資本額、營業額，例外採經常僱用員工數認定方式，修正為採實收資本額、營業額或經常僱用員工數擇一適用，惟無溯及適用之規定。

三、中小企業申請本辦法一百零三年度之研發支出投資抵減而適用修正發布前之中小企業認定標準者，依修正發布前中小企業認定標準第二條第二項前段規定：「各機關基於輔導業務之性質，就該特定業務事項，得以下列經常僱用員工數為中小企業認定基準，不受前項規定之限制」。鑑於各中央目的事業主管機關就所轄產業別於管轄權限範圍內，本即有敦促其升級轉型之輔導任務，審查所轄產業別之研發投抵活動允屬輔導業務之性質，各中央目的事業主管機關得就實收資本額、營業額或經常僱用員工數擇一作為判定中小企業之基準。